escala hierárquica

Alunos da Academia (Estudantes) - Assim são chamados os que estão em fase de treinamento. Ainda não podem fazer missões e geralmente são crianças. Não existe idade par graduação. já que Uchiha Itachi se formou com apenas 7 anos. Os alunos passam por um teste feito pelo professor do curso, um chuunin, e se passarem, tornam-se genins e são divididos em varios trios, cada qual com seu instrutor jounin. Se o jounnin quiser, pode fazer um teste adicional com o time que recebeu e, se considerar os alunos incapazes, pode mandá-los de volta para a academia. Um exemplo desses é Konohamaru, neto do Sandaime Hokage de konoha.
Gennin (下忍) Fazem missões nível D e, no máximo, C. Geralmente não possuem técnicas avançadas. Com o tempo, seu jounin pode achar que eles estão prontos para o Exame Chuunin, um teste para virar chuunin. Ele é dividido em: teste escrito, teste de sobrevivência, e se houverem muitos participantes, uma eliminatória, finalizando com um campeonato. Nele, várias pessoas vêm do mundo inteiro para ver os ninjas, o que acaba sendo uma propaganda para os ninjas de cada vilarejo. Mesmo se a pessoa perder na primeira luta e o Hokage decidir que ele tem potencial, ele vira um chuunin, logo, o vencedor do campeonato pode não virar um chuunin, se não possuir potencial. Exemplos: Uzumaki Naruto, Haruno Sakura, Uchiha Sasuke, Sabaku no Gaara, Temari, Kankurou, Hyuuga Hinata, Inuzuka Kiba, Aburame Shino, Yamanaka Ino, Akimichi Chouji e Nara Shikamaru.
Chuunin (中忍) -Um gennin se torna um chuunin após passar pelas três fases do Chuunin Shiken. Os chuunins fazem missões nível C ou B, ou são levados até a Academia para virarem professores. Quando um Chuunin é muito experiente pode tornar-se um jounnin ou um ANBU. Exemplo: Umino Iruka
Tokubetsu Jounnin (上忍下) - São Jounins especializados numa área ninja e executam missões selecionadas de acordo com suas especialidades. Essas missões não só limitadas à espionagem, tortura, assassinatos e outros similares, mas também se estendem à educação e pesquisa, com cada seleção batendo de acordo com suas habilidades e conhecimento. Os ninjas desse nível também são chamados para serem os Supervisores do Exame Chuunin.
Jounnin (上忍) - São a elite do vilarejo e fazem missões de nivel B, A e S. Alguns treinam gennins, como Kakashi, Asuma, Kurenai e Gai. Existem também os Jounnins especiais,que exercem a função de examinadores no Exame Chuunin ou que são especialistas em treinar um certo tipo de ninja,como Ebisu, que é especialista em treinar ninjas candidatos a Hokage
ANBU (Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai 暗殺戦術特殊部隊) - Conjunto de ninjas que estão sob o comando direto do Kage. Usam mascaras de animais que representam cada um dos signos zodiacais chineses, sendo que servem para manter suas identidades em segredo dos inimigos numa missão. Geralmente são jounins e poucas vezes chunins, mas são sempre shinobis muito talentosos.
Líder do Vilarejo ou Kage (影) - Possuem o nome de acordo com o país onde esta seu vilarejo( Ho = fogo Kage = sombra). Existe somente um por vilarejo. Um ninja só pode ser nomeado para o cargo pelo conselho da vila. Administram e defendem a vila. Realizam missões rank S, que são as mais difíceis e com maior risco de morte.

Outras denominações
Nukenin (抜け忍) - Ninjas que fogem de suas vilas por diversos motivos. Alguns vão embora por não quererem mais fazer missões, outros por que outras vilas oferecem mais poder e status(caso do jounin Aoi) e ainda há aqueles que se juntam a organizações criminosas, como os Sete Espadachins da Névoa(Momochi Zabuza, Raiga...) e a Akatsuki(Uchiha Itachi, Sasori, Deidara...). Os ninjas da Akatsuki fazem um arranhão horizontal em suas bandanas (As vezes por acaso).
Oinin (追い忍) - São caçadores Ninja, também conhecidos como Ninjas rastreadores são os shinobis especializados em matar ou capturar os Ninjas-Rejeitados que fogem da vila, os Nukenins. São shinobis extremamente inteligentes e conhecedores da estrutura corporal de um ser humano e podem imobilizá-lo sem matar. Usam uma máscara para esconder a identidade. Ao encontrarem os Nukenins, os oinins os matam para que os segredos da vila não sejam revelados a inimigos. Em Konoha, quem faz esse papel é a ANBU.
Cobradores- São ninjas que vêm atrás dos pergaminhos, da Terra e do Céu, durante eventos como o Chuunin Shiken, esses ninjas roubam os pergaminhos dos Genins das provas para ganharem alguma recompensa, ou usarem em outras provas, esses ninjas são no máximo Genins com habilidades de Jounin e/ou Chuunin. Yakushi Kabuto disse que Oboro, Kagari e Mubi eram cobradores para conseguir fazer com que Uchiha Sasuke passe no Chuunin Shiken.
Ryounin- São os Ninjas Cozinheiros, suas missões são as de alimentar os outros Shinobis durante as missões de longo duramento, sua aparição se deu somente no episódio filler 168.
Ninja Mensageiro- São os ninjas mensageiros, eles não se importam com o conteúdo a ser entregue, e sim somente em entregá-lo. Eles não possuem nomes, são designados por seqüencias numerais semelhantes aos códigos postais. Tem sua aparição somente no episódio filler 177.
Kunoichi- É a denominação dada às mulheres que são ninjas.
Hiouri-nins - São os ninjas médicos. Alguns trabalham nos hospitais e outros ajudam nos campos de batalha. Se algum desses hiouri-nins são feridos em batalha, o time inteiro é comprometido, a responsabilidade cai nas mãos desses ninjas médicos. Em "Naruto Clássico" as kunoichis (Haruno Sakura, Yamanaka Ino, que sempre quiseram ser como a Tsunade) elas se sentiam fracas e inúteis em campo de batalha por, às vezes, não fazerem nada ou por serem derrotadas facilmente,então foram até a gondaime hokage Tsunade para aprenderem Hiouri ninjutsus. Mas entre elas quem aprimorou melhor as técnicas médicas e técnicas utilizando o chakra para conseguir uma força abrupta foi Haruno Sakura tanto que aprendeu quase todas as técnicas da Tsunade incluindo o kuchiyose no jutsu - Katsuyu.
Esses ninjas aprendem técnicas de remoção de veneno, regeneração total do paciente, curar ferimentos, fazer cirugias, regenerar células do corpo,cortar a carne (sem dilacerar),paralisar o corpo inimigo em campo de batalha.